Finanzämter haben die unternehmerischen Betätigungen von Forschungseinrichtungen steuerlich bislang unterschiedlich behandelt. Um künftig eine bundeseinheitliche Beurteilung des Vorsteuerabzugs bei Forschungstätigkeiten sicherzustellen, wird der Umsatzsteuer-Anwendungserlass um spezielle Regelungen zur Abgrenzung des unternehmerischen vom nichtunternehmerischen Bereich der Forschungseinrichtungen ergänzt. Dabei zeigt sich das Bundesfinanzministerium (BMF) mit der Qualifizierung als vorsteuerabzugsberechtigter Unternehmer großzügig und stuft jede Forschungseinrichtung mit der Absicht, ihre Forschungsergebnisse nachhaltig zur Einnahmeerzielung zu verwenden, als Unternehmerin ein.
Es wird dabei zwischen Eigenforschung und Auftragsforschung unterschieden - hierbei kommt es maßgeblich auf die Verwendungsabsicht an. Die Eigenforschung erfolgt aus eigener Initiative und unentgeltlich. Eine Auftragsforschung liegt vor, wenn eine von einem Dritten initiierte Forschung entgeltlich für diesen betrieben wird. Dabei ist die Grundlagenforschung ausdrücklich mit einzubeziehen, soweit sie dazu dient, die unternehmerische Verkaufstätigkeit zu steigern und die Marktposition zu stärken.
Die Grundlagenforschung wird als notwendige Vorbereitungshandlung zur unternehmerischen Verwertung betrachtet. Somit besteht Anspruch auf Vorsteuerabzug. Ausnahmen gelten jedoch, wenn die Grundlagenforschung (Eigenforschung) in einem abgrenzbaren Teilbereich ausgeübt wird, der keine nachhaltigen Einnahmen erzielt (z.B. getrenntes Institut). Dann ist dieser Teilbereich dem nichtunternehmerischen Bereich zuzuordnen; der Vorsteuerabzug wird versagt.
Im aktuellen BMF-Schreiben sind beispielhafte Sachverhalte dargestellt - hier ist insbesondere das Beispiel 5 für Forschende im Bereich des Gesundheitswesens zu nennen. Öffentlich finanzierte Forschungstätigkeiten können dem unternehmerischen Bereich mit Vorsteuerabzug zugeordnet werden, wenn die Erkenntnisse aus der Forschung vermarktet oder im Bereich der Auftragsforschung genutzt werden. Sofern es sich um zuschussfinanzierte Forschungstätigkeiten handelt, sind jedoch auch gemeinnützigkeitsrechtliche Risiken zu beachten.
Hinweis: Für viele Forschungseinrichtungen dürfte sich der Vorsteuerabzug verbessern. Allerdings sind auch die Anforderungen des Gemeinnützigkeit-, Zuwendung- und Beihilferechts zu berücksichtigen, um die Rückforderung von Zuschüssen oder den Verlust der Gemeinnützigkeit zu vermeiden.